Hersek Beyi Hüseyin Paşa, Başmimar Koca Sinan’a gönderdiği bir hükümle, Bosna’nın batı kıyısında kale yapımı için bir mimar göndermesini ister. Bina inşasında usta olan Mimar Hayreddin uygun görülür.
Mimar Sinan'ın talebesi Mimar Hayreddin tarafından yapılan, Neretva Nehri’nden 24 metre yüksekte 30 metre uzunluğunda, 4 metre genişliğinde olan Mostar Köprüsü, dönemine göre son derece gelişmiş bir teknolojiyle inşa edilmiş. Köprü inşaatında 456 kalıp taş kullanılmış.
Osmanlı İmparatorluğu ile Venedik ve Raguza Cumhuriyetleri arasında karayolu ticaretinde büyük öneme sahip olan köprü 427 yıl aktif olarak kullanıldı.
Köprü, 1992'de Boşnaklar ve Hırvatlar arasında başlayan çatışmalarda yıkıldı. Nehrin bir tarafında Boşnakların, diğer tarafında ise Hırvatların yaşadığı Mostar'da, Osmanlı döneminin en büyük simgesi olan Mostar köprüsü de hedef oldu.
Savaş sırasında Hırvat top atışlarıyla yıkılan ve savaşın bittikten sonra Türkiye`nin de aralarında bulunduğu bazı ülke ve uluslararası kuruluşların desteğiyle aslına uygun olarak yeniden inşa edilen Mostar Köprüsü, her yıl milyonlarca ziyaretçiyi ağırlıyor.
Mostar Köprüsü, cesur sporcular tarafından yıllarca bir atlama platformu olarak kullanılmış ve böylece bir gelenek oluşmuş: şehrin erkekleri evlenmeden önce eşlerine cesaretlerini ispatlamak için köprüden nehre atlıyorlarmış.
Köprü, 2005’te UNESCO tarafından Dünya Mirası ilan edildi. Mostar Köprüsü, Bosna’da hoşgörü ve kültürel çeşitliliğin sembolüdür.